Der SCÖ wurde am 13.Mai 1966 zunächst als „Bootssportverein Öhningen“ gegründet.

Ruderbootbesitzer, Motorbootfahrer und einige erste Segler erhofften sich durch die Vereinsgründung ihre Interessen, vor allem die Liegeplatzfrage in Oberstaad betreffend, besser vertreten zu können.

Anläßlich einer außerordentlichen Mitgliederversammlung am 2. Dezember 1967 wurde der Verein in „Segelclub Öhningen e.V.“ umbenannt. Gleichzeitig wurde aus mehreren Entwürfen der Clubstander, 3 rote Streifen auf weißem Grund und Gemeindewappen, ausgewählt.

Im Jahre 1968 trat der Verein dem Deutschen Segler-Verband bei, ein Jahr später dem Bodensee-Segler-Verband.

Im Frühjahr 1967 wurde bereits die erste Freundschaftsregatta mit immerhin 33 Teilnehmern veranstaltet. Ein Jahr später findet erstmals die Distanzregatta von Öhningen zur Reichenau und zurück statt.

Clubheim und Anlage machen Fortschritte und 1969 konnte auch die erste Steganlage eingeweiht werden.1973/74 wurde dann endlich auch ein ordentliches Sanitärgebäude gebaut.

Im Jahre 1991 wurde in gebührender Form das 25 jährige Vereinsjubiläum gefeiert.

Da Anfang der neunziger Jahre die alte Steganlage kaum mehr in verkehrssicherem Zustand zu halten war, wurde über eine neue Hafenanlage nachgedacht.

Die Planungen von Gemeinde, SCÖ und dem Planungsbüro Stäheli führten 1994/95 zum Bau der heutigen Schwimmsteganlage. Finanziert wurde der Hafen durch Vorauszahlung der Hafenlieger, die langfristige Mietverträge erhielten. Etwa die Hälfte der Liegeplätze wurden von der Gemeinde an den SCÖ vermietet, der die Plätze an seine Mitglieder weitervermietet.

Beim großen Pfingsthochwasser 1999 kam es zur Überflutung des Clubgeländes, im Clubhaus stand das Wasser knietief. Die anschließende Sanierung führte zum heute bestehenden Zustand des Clubhauses.

Das neue Sanitärgebäude wurde 2006 fertiggestellt.